Своё летоисчисление село Малиновка Томского района начинает с 1891 года. В те времена оно входило в Семилуженскую волость Томской губернии. 9 сентября 1899 года в Малиновке было открыто трёхклассное сельское народное училище Министерства народного образования. Оно располагалось в частном доме, на содержание училища было отпущено 700 рублей от казны и 40 рублей от сельского общества.

В 1909 году на 328 жителей было 35 детей школьного возраста, из них 23 ребёнка от 8 до 11 лет обучались в школе, а в 1916 году учились уже 34 ребёнка: 20 мальчиков и 14 девочек. Это уже училище посещали дети посёлка Москаленковский.

После Октябрьской революции школа оставалась начальной до 1950 года. В 30-х годах в школе работали Полякова Софья Петровна, Шумский Георгий Антонович. С 1934 по 1938 гг. заведующим школы был Глотов Николай Родионович, который в годы Великой Отечественной войны погиб на фронте.

В трудные военные и послевоенные годы в Малиновке учительствовала Попова Елена Дмитриевна, человек высокой культуры, благородства, интеллигентности. Большим авторитетом среди взрослых и детей пользовалась на селе эта женщина, которая за свой добросовестный труд была награждена орденом Ленина.

В 1950 году школа стала семилетней. Её первым директором стала учительница начальных классов Сакенко Анна Николаевна. Через год школу возглавил Молоков Григорий Самсонович, человек очень энергичный, опытный. При нём началось строительство типовой семилетки. В 1955 году школа приняла первых учеников. Село строилось, росло, число учащихся всё увеличивалось, и уже и в новую школу все классы не вмещались: начальные учились в здании железнодорожной школы и в жилом доме по переулку Пролетарскому.

Педагогический коллектив пополнялся новыми учителями. Среди директоров, которые менялись довольно часто, каждые 2 – 3 года, заметный след в истории школы оставили: Серебренникова Ольга Афанасьева, требовательный руководитель и добрый, отзывчивый человек, Киянов Алексей Александрович, при нем в 1964 году началось строительство теперь уже средней школы. 1сентябпя 1967 года ученики вошли в светлые классы просторной трехэтажной школы, которая стала называться Малиновской средней.

В1969 году директором была назначена Затолокина Нина Тимофеевна. По ее инициативе началось оформление коридоров и рекреаций школы: на 3-м расположилась Малая Третьяковка, на втором – Уголок боевой славы, Страницы истории Родины; а па первом этаже - стенды-ответы на разные «почему?» малышей.

В это же время началась и озеленение школы. Был разобран пришкольный участок, у школы заложен дендрарий. Ежегодно осенью и весной учащиеся вместе с учителями делали новые посадки.

В начале 70-х годов одной из первых в районе школа внедрила кабинетную систему обучения. Много сил и энергии этому начинанию отдала Дурандина О.А., директор Малиновской средней школы. Появились кабинеты, оснащённые ТСО (технологические средство обучения), наглядными пособиями, раздаточным материалом, справочниками, словарями. Кабинет иностранного языка ( Р.Д. Гребенникова) стал одним из лучших в районе.

И всё это смогло осуществиться благодаря упорству и настойчивости Гладышевой Екатерины Петровны, особенно в годы её директорства ( 1976- 1980гг.). Для школы были приобретены телевизоры, фильмоскопы, графопроекторы, диапроекторы, магнитофоны, проигрыватели, оборудован радиоузел, построены теплица и тир (военрук Козловский Валерий Васильевич), оборудована спортплощадка и даже хоккейная коробка с электрическим освещением.

Добрую славу школе завоевали её учителя. Более четверти века проработали в ней Ланина Мария Фоминична, Чижикова Лидия Александровна, Гришенко Мария Сергеевна, Ланина Анфиса Ивановна, Липовка Нина Васильевна, Василенко Владимир Васильевич, Свяжина Валентина Петровна, Шаршина Галина Ивановна, Машкина Валентина Николаевна, Кокорина Ирма Ивановна, Гребенников Геннадий Васильевич, Чукова Галина Евгеньевна, Зикрина Галина Михайловна, Борисова Галина Иннокентьевна, Борисова Светлана Владимировна, Борисов Александр Викторович, Мастихина Вера Александровна, Козловский Валерий Васильевич.

Славу школе приносит и её ученики. Мы помним тех, кто отдал жизнь за Родину в годы Великой Отечественной войны: Агапов Игнатий Ефимович, Беззубенко Владимир Матвеевич, Беззубенко Николай Матвеевич, Булавский Иван Владимирович, Горин Пётр Иванович, Губский Фёдор Климентьевич, Драгиль Егор Иванович, Грицанов Александр Никифорович, Ердаков Александр Миронович, Ершов Алексей Егорович, Ершов Павел Егорович, Ланин Пётр Васильевич, Лелюйко Михаил Артемьевич, Любятинский Степан Петрович, Петроченко Михаил Филиппович, Филиппов Пётр, Хлупин Михаил Семёнович, Циров Петр Семенович, Юхневич Аркадий Владимирович, Юхневич Иван Владимирович.

Многие наши ученики стали замечательными тружениками, хорошими родителями. Вот несколько имён. Трусова Евгения Никитична в годы войны и после неё работала председателем колхоза «Путь крестьянина». Макарова Мария Егоровна, мать-героиня, вырастила 10 детей. Захаров Василий Васильевич, многодетный отец, построил самый красивый дом в Малиновке, многие годы проработал главным ветврачом Туганского района. Юхневич Иннокентий Владимирович - единственный в довоенные годы человек, получивший высшее образование. Он окончил Ленинградский театральный институт, работал драматическим актёром. С группой артистов приезжал в Малиновку с показом пьесы Островского «На бойком месте». Голынский Василий Ульянович, лётчик, участник Великой Отечественной войны, работал в Колпашевском аэропорту.

Многие выпускники стали педагогами. Они работают в школах района, в вузах, техникумах. В.М. Белоусов стал заведующим РУО Томского района, Ясюкевич В.Ф. - директором средней школы в Колпашевском районе. Среди работающих в Малиновской школе учителей трудятся её выпускники: В.П. Свяжина, В.А. Мастихина, Г.А. Салявина, С.В. Борисова, С.А. Самардакевич, И.М. Козловская, С.А. Хренова, Е.А. Зайнулина, Н.Л. Седюкевич, Е.Н. Зеленова, И.В. Штейникова, Н.А. Вавилонская, Н.К. Караконстантин, О.Ю. Цыганкова.

Среди наших выпускников есть люди, посвятившие свою жизнь науке: это доктор исторических наук, преподаватель ТГУ О.М. Рындина, кандидат наук С.Э. Кунц.

Есть кадровые военные: полковники Ю.Н. Стоякин, Н.А. Коротких. Ю.Н. Стоякин - преподаватель Московской военной академии.

В числе наших именитых выпускников В.М. Иванников - артист Московского театра, мастера спорта Коротких Н.А., Сафронов В.А., Белоусов В.М., Яраус С.Х., Устьянцева В., Ряписова А.Л., Седюкевич М.П. Г.Т. Артюховский - генеральный директор Томскреставрации и другие.

Школа гордится своей историей, своими педагогами и учениками.